The Rhinella arenarum transcriptome : de novo assembly, annotation and gene prediction

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dc.creator Ceschin, Danilo Guillermo
dc.creator Pires, Natalia Susana
dc.creator Mardirosian, Mariana Noelia
dc.creator Lascano, Cecilia Inés
dc.creator Venturino, Andres
dc.date 2020-12
dc.date.accessioned 2023-03-06T13:50:17Z
dc.date.available 2023-03-06T13:50:17Z
dc.identifier.issn 2045-2322 es_ES
dc.identifier.uri http://rdi.uncoma.edu.ar/handle/uncomaid/17000
dc.description.abstract The common toad Rhinella arenarum is widely distributed in Argentina, where it is utilised as an autochthonous model in ecotoxicological research and environmental toxicology. However, the lack of a reference genome makes molecular assays and gene expression studies difcult to carry out on this non-model species. To address this issue, we performed a genome wide transcriptome analysis on R. arenarum larvae through massive RNA sequencing, followed by de novo assembly, annotation, and gene prediction. We obtained 57,407 well-annotated transcripts representing 99.4% of transcriptome completeness (available at http://rhinella.uncoma.edu.ar). We also defned a set of 52,800 highconfdence lncRNA transcripts and demonstrated the reliability of the transcriptome data to perform phylogenetic analysis. Our comprehensive transcriptome analysis of R. arenarum represents a valuable resource to perform functional genomic studies and to identify potential molecular biomarkers in ecotoxicological research. es_ES
dc.format application/pdf es_ES
dc.format.extent pp. 1-8 es_ES
dc.language eng es_ES
dc.publisher Nature Research es_ES
dc.relation.uri https://www.nature.com/articles/s41598-020-57961-4 es_ES
dc.relation.uri https://ri.conicet.gov.ar/bitstream/handle/11336/114350/CONICET_Digital_Nro.4c35a576-7e65-4b06-b437-84a7fe869419_A.pdf?sequence=2&isAllowed=y es_ES
dc.rights Atribución-NoComercial-CompartirIgual 2.5 Argentina es_ES
dc.rights.uri https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/ es_ES
dc.source Scientific Reports. Vol. 10 Núm. 1053 (2020) es_ES
dc.subject Rhinella arenarum es_ES
dc.subject Ecotoxicology es_ES
dc.subject Gene prediction es_ES
dc.subject Transcriptome es_ES
dc.subject.other Ciencias Puras es_ES
dc.title The Rhinella arenarum transcriptome : de novo assembly, annotation and gene prediction es_ES
dc.type Artículo es
dc.type article eu
dc.type acceptedVersion eu
dc.description.fil Fil: Ceschin, Danilo Guillermo. Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina. es_ES
dc.description.fil Fil: Ceschin, Danilo Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina. es_ES
dc.description.fil Fil: Ceschin, Danilo Guillermo. Instituto Universitario de Ciencias Biomédicas de Córdoba; Argentina. es_ES
dc.description.fil Fil: Pires, Natalia Susana. Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina. es_ES
dc.description.fil Fil: Pires, Natalia Susana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina. es_ES
dc.description.fil Fil: Mardirosian, Mariana Noelia. Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina. es_ES
dc.description.fil Fil: Mardirosian, Mariana Noelia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina. es_ES
dc.description.fil Fil: Lascano, Cecilia Inés. Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina. es_ES
dc.description.fil Fil: Lascano, Cecilia Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina. es_ES
dc.description.fil Fil: Venturino, Andres. Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina. es_ES
dc.description.fil Fil: Venturino, Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina. es_ES
dc.cole Artículos es_ES


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